凝結芽孢桿菌在有氧及無氧的環境下都可成長，能適應低氧的腸道環境，對酸和膽汁有較高的耐受性，可以進行乳酸發酵，發生的L-乳酸能下降腸道pH 值，按捺有害菌，并能促進雙歧桿菌等有益菌的成長和繁衍。凝結芽孢桿菌可以構成芽孢，與其他不產乳酸的芽孢桿菌相比有利于恢復胃腸道的微生態平衡。凝結芽孢桿菌芽孢在人體中約4-6h便可萌生，其間85%的菌體可順利經過消化系統，***總算腸道中萌生并繁衍 。但值得關注的是，凝結芽孢桿菌不同于其它的益生菌，因為菌體在腸道上皮細胞的粘附性較弱，所以在天然條件下一般很難在腸道中存在 。因而，作為腸道內的"移民"，凝結芽孢桿菌只能在腸道內做短暫的停留，一次性口服凝結芽孢桿菌后，經過大約4~7d時刻腸道內的凝結芽孢桿菌便會經過排便而消失殆盡 。所以只要持續服用凝結芽孢桿菌菌劑，才能使得該菌在腸道中充分發揮其益生作用。