羊肚菌催菇的判斷有兩個主要條件，內在的生理成熟和外在的環境適宜。內在的生理成熟是指菌絲營養儲備完成，有足夠的營養可以供給后續出菇。這個目前沒有科學的數據衡量，通常以菌霜顏色開始輕微從白色變黃為準。

然后是外在環境適宜。主要考察的溫度為土壤溫度，不同品種的原基發育溫度有別，以六妹羊肚菌13號為例，當土壤溫度(地表5cm)溫達到8℃以上，持續7-10d，即可出菇。因此，催菇時間應在改時間點往前推15-20d。
羊肚菌催菇時可使用菌菇益生寶，促進菌絲扭結，提高出菇率。羊肚菌使用菌菇益生寶的時間和方法

1、翻耕使用，翻耕前1畝地1瓶；

2、拌種用，1瓶拌種1000斤菌種；

3、覆土后澆大水使用一次，1畝地1瓶；

4、如果菌絲長得不好，在菌絲生長期3-5天使用一次，如果長得好就不用使用了；

5、澆催菇水用，一畝地2瓶；

6、出原基后開始使用直到采收收完，一畝地1瓶，按1:200倍比例兌水稀釋后霧化噴灑。